申請人提出商標註冊申請案後,需經過程序審查以及實體審查;如果案件程序事項完備及實體事項沒有不得註冊的情形,將核准審定,申請人繳納註冊費後公告註冊,並核發註冊證。如果申請人期限內未繳納註冊費,將不予註冊公告也不會核發商標註冊證。但如果未繳納註冊費,不是因為申請人故意而且不影響期間內第三人申請商標註冊或取得商標權,只要在繳費期限屆滿後6個月內繳納2倍註冊費,仍可公告註冊並取得商標註冊證。

商標經公告註冊後,可能會因他人提出商標註冊有不得註冊的情形、商標不當使用或註冊滿三年未使用而涉有爭議,包括異議、評定以及廢止程序。爭議案作成行政處分後,如果當事人不服處分,可於30日內透過本局向經濟部訴願委員會提起訴願。如果仍不服訴願決定,可於2個月內向智慧財產法院提起行政訴訟。若不服行政訴訟判決結果,可於20日內向最高行政法院提起上訴。

商標申請案經過審查後,可能因為案件程序事項不完備或實體事項有不得註冊的情形,不予受理或拒絕註冊(核駁),如果申請人不服審查結果,也可以透過前述行政救濟程序,依序向經濟部訴願會、智慧財產法院、最高行政法院提起行政救濟,以保障申請人法定權益。